总的来说，袁杀毛仍属于不顾大局，太过冲动的行为。加上得到皇帝的批准，属于越权行为。不过人既然已经杀了，无法挽回，当给予袁崇焕一个严重警告处分，责令其戴罪立功。
然后人批评袁崇焕将毛文龙诛杀而导致皮岛失守，却又过苛了。皮岛之瓦解，尚可喜等人之降清，实在是在袁崇焕被捕后又发生太多事情才导致的，不宜一味推到袁崇焕身上。何况如果袁不是几个月后就被捕，给他时间对皮岛善加安抚，说不定不会发生叛变事件呢。
崇祯二年三月，清兵绕道入关，袁崇焕千里营救，几经血战，最终崇祯将袁逮捕入狱，后凌迟处死。
清兵绕道入关，此为论述袁崇焕防区失守之一大要害，当略论之。
其一，因为文人担任的高级军事长官都是临时性职务，职权也含糊不清，根据和皇帝的关系，跟朝臣的关系，和地方的关系，实际职权各个不同。就辽东经略来说，孙承宗以内阁大学士身份督师辽东，是帝师，深受皇帝器重，又曾在内阁任职，后勤保证自然优先支援，地方管辖也不敢异议；王化贞担任广宁巡抚的时候，熊庭弼的辽东经略并挂兵部尚书衔，职位应当在其之上，但王化贞是阉党一派，又得兵部尚书支持，所以把握重兵，更有实权；袁崇焕任辽东巡抚的时候，王之臣为辽东经略，他们的分工则是袁关外，王关内；袁崇焕督师辽东的时候，虽然挂兵部尚书衔，但实权不如孙承宗，控制力集中于在山海关、宁远一代，其对蓟辽或者其他地区是否能够有效实施所有军事行为的控制，尚是疑问。
其二，有证据表示袁崇焕是获得过情报的，也提醒过蓟辽总理，不过如果是袁的防区，总难辞其咎。但袁能否确认自己的情报准确无误，在得到情报后能否充分调动各种资源进行防御或者阻击，个人看法是应该继续存疑，谨慎结论，建立在其上的推理要更加谨慎。
其三，清兵在入关前一共五次绕道进犯，每次都是如入无人之地。后几次明军也得到过情况，也做过相当的准备，也曾经层层布防，但实际效果一点都不好。如果明军后几次在得到情报，组织了大军防御和阻击都无法阻止清兵进犯，也无法抵抗清兵的攻势，那么对清兵绕道进犯的无计可施似乎可以理解为明军整体的无能为力，而不是仅仅为袁督师失职了。整个明军都无法阻止鞑子的脚步了，你却将鞑子第一次入关归咎到袁崇焕头上，这，着实有些说不通吧，或许在明理上讲，袁崇焕却是有罪过，但在人理上看，其实袁崇焕也是无奈。
袁崇焕之处死，《明史》评价为“边事益无人，明亡征决矣”，这倒也未必。袁崇焕死后十来年，辽东战场上清兵虽然取得了多次的胜利，但始终也没有突破最后防线。直到北京城被攻破，山海关也控制明方手中。保持山海关防线的完整，却也不是没有袁就不行的。
袁崇焕绝非完美，却是当时明帝国难得敢战之将。如果其能在孙承宗手下多历练几年，说不定能够磨炼成为真正的帅才。如果崇祯皇帝不将其处死，应该能在辽东战场上为明帝国做出更多贡献。然而寄希望于其收复辽东，又或者打击农民军，似乎期望过高。
究袁崇焕一生，忠于明国，虽然军事天份不足，却以胆略补其不足，宁锦之功，无论怎么嘉奖也不过分。其自负和独断也犯下过错误，但因此得到凌迟下场，实在是个人的不幸，也是明帝国的不幸。崇祯用人，多疑、刻薄、固执、性急，遂换五十位大学士，十一个刑部尚书，十四个兵部尚书，诛杀总督七人，杀死巡抚十一人、又逼死一人，实在无驾驭人才的能力。
深究君王与大臣的关系，很容易就能感受到其中难以用语言描述的微妙。他们之间也是一场博弈，只是这场博弈往往被喷上忠诚和贤明之类的油彩。尽管崇祯已对袁崇焕心生恶念，但他在平台召见时仍然做出和蔼可亲的样子，还把自己的貂皮大衣脱下来，亲自给袁崇焕披上。中国历史上，经常可以看到的一个细节就是，主子脱下自己的衣服给臣子披上，而臣子此时除了感恩戴德，就是暗暗下定决心，要为主子流尽生命中的最后一滴血。
仅仅过了几天，当崇祯安排好接替袁崇焕的人选之后，这位和蔼可亲的人君一下子变得声色俱厉：十二月初一，袁崇焕被召进宫，依然是在前两次召见的平台前，暴怒的崇祯下令将袁崇焕拿下。
接下来，崇祯下旨，将袁崇焕“依律磔之”，其妻子和袁崇焕的兄弟一起，流放两千里以外。那场“大快人心”的凌迟就这样不可阻挡地发生了。当袁崇焕在刽子手冷漠无情地数刀数的声音和周围看客们兴奋的斥骂声中承受临死前的煎熬时，注定了大明帝国只有毁灭才是最终的结局。
二十世纪初期，为了推翻满清统治，社会精英大造舆论，将袁崇焕抬举到过高地位，只怕九泉之下，只怕督师自己也未必认同。而今已无此等偏见，当将其回归真实之历史地位了，但那些为了秀优越，为了满足自己自身虚荣和表现欲望，去故意乃至刻意抹黑袁崇焕的人，确实是做的有些过了。
小龙认为，对袁崇焕的讨论应该在功过方面，袁崇焕有功，也有过。但是如今很多人却能够给袁督师头上戴上一定汉奸的帽子，而且几乎完全抹杀督师的功绩，恐怕就算督师不在意这些，那些为了抗击满清入关而战死的汉家英魂也不会得到安息吧。
至于乾隆皇帝给督师平反，然后很多人就以此来臆想，是不是乾隆为了抹黑明朝来故意抬高袁崇焕形象？
中国，向来不缺阴谋家，民间也是如此，大家用自己丰富的想象力，编织出了一个极度复杂，极度黑暗，极度骇人的中国政治面貌，但有时候，事情可能很简单。