努尔哈赤简直不敢相信这是事实，更不愿意相信。刘兴祚矢口否认，努尔哈赤最终也没找到确凿证据证明自己的爱将反叛。

为绝后患，努尔哈赤以残酷的手段屠戮了复州两万名汉人民众。

可以说，努尔哈赤的屠刀在刘兴祚的身边转了一圈，殃及鱼池，但都没有落在他的身上，只是将他由总兵将为参将。

此外，投降的许多汉人高官也遭到了捕杀牵连，连李永芳和佟养性也跟着遭殃。

原先最富有的辽东四州，也渐渐被金国放弃。袁可立虽然没有成功招降刘兴祚，但是他的战略目标却达成了，防线大大向前推进。在这时，能够与孙承宗齐名的一代名臣袁可立却在朝廷内斗中被迫辞职。

刘兴祚因告密事件开始沉寂，他知道努尔哈赤起了疑心，只要自己稍有动静就会人头落地。现在能做的就是等。

努尔哈赤死后，皇太极继位，对刘兴祚又开始给予信任。

天聪元年二月，皇太极命刘兴祚一行代表后金到朝鲜谈判结盟的事情。

刘兴祚借助朝鲜向明朝表明自己归国的心愿，但是朝鲜出卖了刘兴祚，向皇太极告密刘兴祚在出使朝鲜期间私下致书毛文龙。

毛文龙接到信后，派人到到朝鲜安州接头，结果中途“猝遇狂风，终不及斯”。

皇太极得知后，纵然证据确凿，却依然没有杀刘兴祚，而是软禁了他。

刘兴祚道：“我并不死心，定要回归大明！”

虽然已经想好了各种结果，但刘兴祚心意已决，归心似箭，无人能劝。

思考再三，刘兴祚决定设计逃脱，于是让其弟刘兴贤逃奔毛文龙。自己却写了两封信，一封让自己的妻子送给萨哈廉，一封让自己的亲信送给巴克什达海。并在信中说，自己管束不力，致使弟弟反叛投敌，大汗必诛之。

而且，这些时日自己经常被人诋毁弹劾，日夜害怕，不得已选择上吊而死。