他的干儿子龙剑节度使杨贞和洋州节度使杨忠，开始不向朝廷进贡，并且还上书攻击朝廷。对此，昭宗也毫不示弱，于大雍大顺二年，夺了杨恭的兵权，转而派他到凤翔去做监军。

杨恭针锋相对，留在长安拒不上任，同时，上奏要求回家养老，以此对虞晔进行要挟。没想到昭宗趁机同意了他的请求，免去了他的官职，只给他留了一个上将军的空闲职位。

杨恭看到要挟不成，反而失了兵权，恼羞成怒，派人将宣布皇帝旨意的使臣杀死于归途中，然后自己逃到商山隐居。不久，他又回到长安昭化坊的官邸。

其官邸距离玉山军营很近，他的干儿子杨信是玉山军使，经常到他家中探望。杨恭还给他的侄子兴元节度使杨亮写信，说昭宗对不起自己，忘记了他的拥立之功，不仅不知恩图报，还对他百般刁难。他还指示杨亮要“积粟练兵，截留贡赋”，公开和虞晔抗衡。

此时，虞晔得知杨恭同杨信合谋造反。虞晔此时正在等待最有利的时机，他把以往搜集到的杨恭的罪证连同谋反的消息一同公布，派虞顺节等人带兵前去逮捕杨恭。

杨恭令其家人抗拒官兵，杨信也带兵前来助战，双方发生大战，从白天一直打到深夜。这时，守卫城门的禁军想趁乱打劫，虞晔对此早有准备，命令宰相刘望率领人马守护财物，防止有人抢劫。

刘望看到禁军要抢劫，斥责道：“皇帝正在亲自督战，你们都是皇帝的宿卫之士，应当前去杀贼立功，而不是趁火打劫。”

众军士都表示愿意听命，跟着刘望前去助战。杨恭看到刘望带兵增援，自料难以继续对抗下去，于是带领全家出逃，直奔兴元。

杨恭到兴元后，纠集兵力，向朝廷开战，虞晔也借助各地节度使的力量与之对抗。经过一年多的战斗，杨恭的军队被凤翔节度使虞茂贞打败。最终，杨恭在逃亡的途中被捉，当即被斩首。

杨恭出逃后，虞顺节也失去了利用价值，因此他就被虞晔纳入了铲除的名单之中。

虞晔命令两军中尉铲除虞顺节。两军中尉以虞晔的名义诏虞顺节入宫，虞顺节带三百士兵来到宫门，宫门侍卫拦住随行军士，只让虞顺节一人进宫。

虞顺节一进宫，即被埋伏的士兵所杀。经过一系列斗争，虞晔初步掌握了中央的权力，狠狠打击了多年以来宦官骄横跋扈的状况，使宦官势力多年来第一次遭受重创。