1363年，朱元璋麾下一位将领不知道自己旗下有多少人马，朱元璋因此而生气。

次年，也就是公元1364年，朱元璋开始推行一种全新的标准的军队编制表，他将过去野战军中各翼元帅府改称为‘卫’。‘卫’的编制为五千人，再分成一千人一组的千户所，千户所再拆分成百人一组的百户所。

部队指挥官都要放弃原有的称呼和荣誉爵位，现在的人马统一接受新的军衔。朱元璋明确允许卫以下的军衔世袭，军户世袭制同时也承袭了元代的兵制。

1364年明军改制，在明军中服役的老兵，即朱元璋在攻打陈友谅的时候亲自带领过的主力士兵被分派成17个卫，这个集团的老兵被准许可以完全退休。其他部队的人则被派去南京地区搞军屯，明军在春天里进行休整或劳动。在此之后，朱元璋本人不再负责具体的军事指挥工作。

长江流域的各方势力此消彼长，北方的民兵元帅们也出现了新旧交替。元政权默许的最大的割据军团首脑察罕帖木儿死亡，他的侄子扩廓帖木儿整合了他的势力强势兴起。

1367年11月，朱元璋发布同时南征和北战的指令，徐达和常遇春合作带领二十五万大军去征服北方，而胡美带军进入福建，汤和与廖永忠带水师沿海岸南驰，从海上进攻福建和广东。

胡美水军开抵福州，陈有定投降，明官军完全拿下福建。

随后廖永忠和朱亮祖将大部分水军继续南开，他们开抵广州，为元军镇守广州十余年的将领何真投降。

接着是广西，两个月之后，广西全线投降。

在北方，徐达和常遇春先下济南，后是洛阳，民兵组织扩廓帖木儿的队伍战败就撤退了，但元政府军的抵抗很顽强，元军强势的抵抗在这时候失去了作用，明军势如破竹，冯胜拿下潼关。

公元1368年，正月初四，朱元璋正式称帝，国号‘明’。

这一年，也就是洪武元年，明军占领大都，元亡。元顺帝逃往上都，史称“北元”。而公元1367年被称为“吴元年”，朱元璋是在向其他人表示，这个时代需要一位新的皇帝。

朱元璋称帝之后，他需要建立一个允许经济运转的和属于和平时期的经济体制，他还需要组织一个有效的文官政府来解决复杂的国家问题。

明帝国已经有了继承中国悠久传统的政体，但朱元璋在某种程度上继承了元统治者穷兵黩武和世袭制的世界观，明王朝后期还需要对儒家让步，及对文人士子乡绅这些社会精英阶层做出让步。

洪武二年，朱元璋建立官学制度，洪武三年，朱元璋重开科举考试。

洪武二年，大将军常遇春去世。

洪武三年，朱元璋为他的三十四名将领们封爵，这些人都帮助或者说他们合力成就了朱元璋建立大明王朝的盛大功业。

获封受赏的人都是朱元璋在内战时期的功勋将领，朱元璋最早的二十四个伙伴中还有二十位幸存者，其中六位获封公爵，十四位获封侯爵。被赐爵位者中还有来自敌军的归顺者，例如胡美。

洪武五年，明使以朱元璋继位告知琉球中山国，中山国遣使入朝，与明建交。

同是洪武五年，春，征虏大将军徐达领兵穿越戈壁远征蒙古，他与蒙古政权下最大的武装势力扩廓帖木儿的大军在外蒙古相遇并展开决战，但这次徐达的远征遭到惨败，明军损失“无虑数千万”。

战败之后，大明被迫接受与蒙古人的军事对峙，明军也与蒙古政权开始了永久的边境保卫战。而大明军队与蒙古部落的边境斗争在后来几乎贯穿了整个大明王朝，蒙古政权也似乎从未被大明统治者彻底征服过。

洪武五年之前，明军又征服了三个省，山西、陕西和四川。四川是明朝获得的最后一块领土，明军对四川的征服并没有使他们在西南开创个新的安稳的时代，相反的是，明军后头对西部和南部地区的非汉族的其他民族开展了一系列绥靖战役。

洪武五年，因徐达战败，朱元璋的雄心在这场惨败的战役中受到抑制，他放弃了他曾经试图争夺整个外蒙古地域的宏图霸业与远大构想。

同年，洪武皇帝不再主要关心军事问题，他过去准备征服整个元帝国的军事理念开始收缩，明王朝对蒙古的军事行动开始采取守势，明朝以他们新修建的长城为依托，防守着以悍马和骑兵见长的蒙古军队。

朱元璋的武力征服道路已经基本完结，他现在需要建立一个明确的实体政权制度来帮助他运转国家。

洪武三年，朱元璋决心恢复传统的开科取士制度，为他的帝国攫取有用的人才。

根据洪武皇帝的指示，洪武三年八月，明帝国举行了洪武朝的第一次科举，同时也是整个大明王朝的第一次科举考试。但这一次开科取士选出来的新科进士们朱元璋认为他们都太书生气，于是洪武皇帝又下令停止了科举考试。

洪武三年科举之后，科考制度又停止了十余年，在这一段时间内，明朝吸收文官的主要途径是由政府中已经任职的官员加以举荐。但通过举荐的人员人数太少，基本无法供应明帝国对于文官人员的需求，于是朱元璋又恢复了科举。

这一次朱元璋将当前时政问题引入殿试，在后头的科举考试中，他将考试分成三场，内容分别是：《四书》与经义一道，论一道，策一道。

笔试之后的第五天，中试者还要通过箭术、马术、算数及法律道德的综合能力测试。并且洪武皇帝坚持箭术的重要性，他令国子监学生和其他州县的学生都要坚持学习和练习这一项目。

朱元璋要求考生们不能只具有单纯的诗词歌赋才能，而这些通过多层选拔的有古典文献研究能力的以及拥有正统信仰的文人们，他们组成了日后协助皇帝统治帝国的文官集团。文官集团不受世袭贵族或者武将的严重挑战，它以空前牢固的的程序左右着明政府。

在明王朝建立之后的很多年里，也有宦官试图挑战文官们的权威地位，但文官官员作为最天然的领导人，宦官、武将、宗室这些社会其他集团都无一能与之抗衡。

明代皇帝及其官员治理的版图空前广袤，自明朝伊始，中国本土的东北、北部和西北部的边境地区都驻守着明军，从亚洲腹地的哈密到偏远东北的黑龙江和朝鲜边境，都能感受到明代行政力量的存在。

公元1355年，明王朝的建立者朱元璋在濠州取得领导权，他的老丈人和老庇护人郭子兴也死在这一年。朱元璋跨过长江在南岸站稳了脚跟，他初步建立了一个地区性的权力基地，也就是后来明政权的一个原型。

1356年3月，朱元璋率兵攻打南京，元朝廷留在南京的戍军不足，很难防守。只经过一天的激战，朱元璋便成功冲入南京城内，南京指挥官陈兆先率蒙古三万大军投降，朱元璋将南京城由集庆改名为应天府。

元王朝的前江南御史台变成了朱元璋作为江南行中书省首脑的官邸，同年7月，他又在南京建立了行中书省和行枢密院。

此刻，朱元璋的军队已经接近十万人的大关，这时候明行政机构大部分还是军事性质的。

在此后两年里，明政权向苏州扩充，明军逐步夺取镇江、常州、江阴和常熟，最后夺取了扬州。其中大部分战役是徐达指挥的，这些胜利适当打击了张士诚的领地和野心，而明军这一阶段的扩充也以占领扬州告一段落。

安徽南部和浙江依然有待征服。1357年，朱元璋亲自统军占领宁国，三个月后，明军统帅胡大海领兵攻占徽州。

又三个月之后，常遇春领兵占领池州。池州之捷正是导致朱元璋与陈友谅大战的开端。

1358年，胡大海全权率军征讨浙江，胡大海的主力在当年11月封锁浙江的内陆城市金华，而金华抵抗到了次年1月。

1359年11月，朱元璋亲自到金华统兵，当年12月，他成立了浙东行中书省。12月3日，胡大海自元军手中夺取了处州。

朱元璋在元帝国的后继政权中完成了浙江一省的分割形势，明军此时占领了四个比较贫瘠的内陆府，而张士诚继续控制浙江北部沿海的富饶之处。

期间常遇春曾经试图突袭杭州，但未成功。同一时期，方国珍和他的舰队继续控制浙江的东部海岸。

到1360年开春，朱元璋的明政权领地为江苏一部分，长江以南的整个安徽，及浙江内陆部分。这些地方的总人口在当时大概是780万左右。

1360年，陈友谅以他的权力所系王牌内陆水军作为筹码拿出来进攻南京，他企图以他的强大的内河舰队一举摧毁朱元璋的势力，但陈友谅的进攻稍嫌鲁莽，他在南京城中了埋伏。

朱元璋夺取了陈友谅的一支完整的舰队来扩充自己的水师，而这次对陈友谅强大舰队的掠夺，使他在此后两年中基本主宰了长江中游的水域领地。

1360年，明军强大的谍报分子汇报陈友谅杀死赵普胜并打算东扩、掠夺明政权安徽南部领土的信息，那是常遇春在1357年攻克下来的池州，陈友谅打算收复它。

陈友谅计划来一次偷袭，朱元璋则令常遇春停止在他杭州炫耀武力的活动，又令徐达前往池州，与常遇春汇合。明军两位将领联合伏击了偷袭者，活捉三千俘虏，并且常遇春杀掉了大部分人，还派了几个俘虏回去给陈友谅报信。

陈友谅的性格本就暴躁易怒，俘虏的报告迅速激怒了陈友谅，他打算用手头的部队去击打明军，陈友谅动用了十万人，并且指挥舰队向下游行驶，他和他的舰队在1360年6月抵达太平。

明将领花云拒不投降，他率领三千明军在太平奋力抵抗了三天，陈友谅失去耐性，用舰队中的大船去攻击太平城垣，最后花云被俘，但拒绝顺降，牺牲于此战中。

陈友谅得意洋洋，他预备以这种战法横扫长江水域。陈友谅将战舰停靠在采石码头，他自己称帝，政权为‘汉’，并派遣使节去见张士诚，请他从背面出兵，和自己一起前后夹击南京。

陈友谅率领舰队直航南京，朱元璋已经获悉太平失陷的消息，但他的水军与陈友谅无法较之高下，有人提议放弃南京，转而坚守南京城东的紫金山。

朱元璋决心迎战，他要诱陈友谅上岸，并引陈友谅去指定地点，打伏击战。等陈友谅的水师到了大胜关，这里港汊太窄，大船不能停靠，他又怕遇上埋伏，于是下令向长江返航。

由于当天暴雨天气，朱元璋又经过精心设计，他和冯胜的军队进攻汉军后卫，迅速赢了一仗。在南京这边战斗进行的时候，胡大海从浙江进犯江西，这个行动打开了明军在江西的战斗全景。

南京一仗之后，陈友谅因他的失败和给部队带来的损失，他在江西的地位发生了动摇。

1361年，朱元璋向长江上游进军，他将陈友谅赶出九江。但朱元璋在还没完全占领江西的时候就离开了南昌，南昌发生叛乱，朱元璋只能调回武昌的军队来镇压南昌的叛乱。

接着是明军队伍中的浙江叛乱，因为朱元璋对南昌情况的一时疏忽，陈友谅取得时间来进行重新武装，他预备接着进攻摇摇欲坠的明政权。

朱元璋知道明军远离南京，南京城有被张士诚的吴军进攻的危险，但他认为他的部队还是应该全力进攻陈友谅的汉军。

1361年9月，朱元璋率水军北上，他们先抵达安庆，俘获了一些船只，但没有破安庆城，于是接着北上。

1361年9月23日，明舰队到达鄱阳湖入口，湖口。

陈友谅在九江部署自己的水军迎战，在朱元璋航行的途中，明军从两侧包围汉军阵线，陈友谅损失了一百多艘大小战船，但他自己避过朱元璋的耳目，溯江而上去了武昌。

次日，明军在江面上攻击九江城垣，此刻陈友谅已经脱身，朱元璋只好派徐达去追赶陈友谅。徐达没能赶上陈友谅，他在汉阳城外抛锚，于是徐达开始攻城，但依旧没有拿下汉阳。

陈友谅退缩武昌，徐达封锁陈友谅，这场封锁从1361年9月持续到1362年4月。

朱元璋在九江督阵，他采用政治攻势，迫使江西各个城池州府投降。